W 1282 roku książe pomorski Mszczuj II sprowadził do Nowego franciszkanów-minorytów. Nadał im parcelę ziemi, na której zakonnicy wznieśli kościół wraz z zabudowaniami klasztornymi.

Klasztor składał się z dwóch budynków z palonej cegły, pokrytych dachówką. Posiadały sutereny, parter oraz piętro. Znajdowały się po południowej stronie kościoła. Pierwszy budynek usytuowany był wzdłuż skarpy, prawie łączył się ze wschodnim szczytem kościelnym, tworząc jak gdyby dalszy ciąg budowli. Drugi stykał się wschodnim szczytem bezpośrednio z pierwszym budynkiem, a zachodnim szczytem z ulicą. Pomiędzy nim a kościołem znajdował się domek odźwiernego i kostnica, przy którym od strony ulicy stał mur, a na południe budynki gospodarcze...

W 1415 r. Konwent Minorytów uległ likwidacji, a na ich miejsce przyszli z Saksonii pokrewni im Bernardyni. W połowie XVI wieku kościół przejmują luteranie.

W 1604 kasztelan chełmiński Jerzy Konopacki osadził tu polskich Bernardynów przekazując im kościół poklasztorny i wszystkie zabudowania wraz z posiadłościami należącymi do poprzednich zakonników. Kościół pozostał w ich rękach do kasaty klasztoru w 1810 r.

Po przejęciu kościoła przez Bernardynów dokonano sporych napraw i budowy m.in. zbudowano tajne, podziemne przejście, z którego można było korzystać w razie niebezpieczeństwa. Z wdzięczności za hojność bernardyni urządził Jerzemu Konopackiemu kaplicę i grobowiec, w którym został pochowany. W grobowcu tym chowana później była cała jego rodzina.

Spokój Ojców Bernardynów zakłóciły wojny szwedzkie. W 1627 Szwedzi złupili i zajęli miasto oraz klasztor. Największych kradzieży i zniszczeń dokonały oddziały szwedzkie 26 stycznia 1656 roku. Miasto płonęło przez kilka dni. Spłonęła wówczas większa część miasta, zabudowania klasztorne i kościół Bernardynów. Ocalało tylko pięciu zakonników. Dzięki ofiarności ludzi w 1658 r. rozpoczęto naprawę spalonego kościoła, a w 1668 zostaje dokonany jego gruntowny remont. Ponad wiek później wnętrze zostało zupełnie przekształcone. Przebudowano korpus a trójnawową halę barokową, zakryto grobowce, a kamienie nagrobkowe przeniesiono pod ołtarz.

Podczas walk napoleońskich w 1813 r. urządzili Francuzi w klasztorze lazaret dla żołnierzy chorych na tyfus. Kościół poniósł wówczas wielkie szkody.

Po śmierci ostatniego Bernardyna w Nowem, ks. Romana Waxa (zm. 1822 r.), wszystko co zostało w kościele przekazano innym parafiom. Część znalazła się w farze oraz kaplicy św. Jerzego. Kościół już nigdy nie miał pełnić funkcji sakralnych.

W połowie XIX wieku zostają rozebrane zabudowania, które były jeszcze w dobrym stanie, a kościół zostaje przekazany ewangelikom.

25 października 1899 roku kościół spłonął w pożarze południowej części miasta, a na jego fundamentach zbudowano nowy, w stylu neogotyckim z dodaniem wieży. Ze starego kościoła zachowała się jedynie krypta z 1311 roku , wsparta na jednym filarze oraz średniowieczne prezbiterium.

Kościół uległ dużemu zniszczeniu podczas działań wojennych w 1945 roku. Jeszcze krótko po wojnie odbywały się tam nabożeństwa. Później został przekształcony na magazyn. Odrestaurowany w latach 80-tych XX wieku na cele sakralne.

IKA

O podziemnych przejściach wspomina Konstanty Kościński w "Franciszkanie i Bernardyni w Nowem", Józef Milewski w "Nowe nad Wisłą 1266-1966" oraz Jan Piątkowski w " Kronika VII wieków Nowego nad Wisłą".